Dlaczego tak
Program mariadb-upgrade (w starszych wersjach mysql_upgrade) sprawdza wszystkie tabele pod kątem zgodności z nową wersją i aktualizuje tabele systemowe, np. uprawnień. mysql_secure_installation służy do zabezpieczenia świeżej instalacji (hasło root, usunięcie kont anonimowych), a nie do aktualizacji. mysqldump wykonuje kopię — co należy zrobić przed aktualizacją — ale niczego nie dostosowuje.